獸醫學系碩士班
本系所具競爭優勢的研究領域包括：小動物醫學與腫瘤學、禽病學、大動物與經濟動物、病理生物學、人畜共通傳染病學及動物福利學等。碩士班分為獸醫公共衛生學與預防醫學組、基礎動物醫學組，修業期限為2-4年。博士班不分所與組，修業期限2-7年。畢業生出路廣泛，可從事教學研、生醫科技、動物藥品、動物保育、公職獸醫師（須具獸醫師執照）、研究人員、業務顧問等工作。
臨床動物醫學研究所
我們是為國內獸醫教學體系中最具規模的臨床獸醫教學研究團隊，致力於臨床獸醫師的進階訓練，並積極投入相關研究。架構分為大動物及野生動物組、伴侶動物醫學組。研究領域包括牧場動物醫學、野生動物動物醫學，小動物部分包含眼科、骨科暨生物力學研究、臨床神經醫學、骨組織工程暨再生醫學、頭頸外科、內科暨臨床病理、臨床腫瘤醫學、腎病醫學、臨床暨分子醫學研究、急診加護研究。修業約需2-4年。申請者須為獸醫系畢業生。本所碩士班畢業生除了可成為具專長之臨床獸醫師之外，未來發展也包含獸醫產業界就業、獸醫或生物醫學研究領域、進一步的進修深造等。
分子暨比較病理生物學研究所
本所碩士班分甲、乙組。
甲組為三年合併碩士課程，含病理住院獸醫師訓練，招收對病理生物醫學訓練及研究有興趣的獸醫學系畢業生；甲組學生畢業後可參加病理專科獸醫師認證考試，並在動物醫院、研究單位及相關生技及醫藥產業任職，擔任病理獸醫師，負責組織切片判讀及診斷工作。
乙組招收獸醫學系，或具生命科學背景且對比較醫學有興趣之畢業生。乙組畢業生則可在研究或研發單位任職，並在生技與生醫產業中具特殊優勢。
https://sites.google.com/view/ntugimcp/Home
甲組為三年合併碩士課程，含病理住院獸醫師訓練，招收對病理生物醫學訓練及研究有興趣的獸醫學系畢業生；甲組學生畢業後可參加病理專科獸醫師認證考試，並在動物醫院、研究單位及相關生技及醫藥產業任職，擔任病理獸醫師，負責組織切片判讀及診斷工作。
乙組招收獸醫學系，或具生命科學背景且對比較醫學有興趣之畢業生。乙組畢業生則可在研究或研發單位任職，並在生技與生醫產業中具特殊優勢。
https://sites.google.com/view/ntugimcp/Home
獸醫學系博士班
博士班不分所與組，修業期限2-7年。畢業生出路廣泛，可從事教學研、生醫科技、動物藥品、動物保育、公職獸醫師（須具獸醫師執照）、研究人員、業務顧問等工作。