前身
本系之前身為日據時代設立之臺北帝國大學理農學部畜產學講座。1943年，理農學部正式分為理學部與農學部，而獸醫學為農學部下的其中一科；此時皆為日籍學生。
1946年
1945年，台灣光復回歸祖國懷抱，同年11月15日更名為國立臺灣大學農學院畜牧獸醫學系。1946年本系首次招收我國籍學生，並於1950年迎來首屆本國籍畢業生。
1952年
1952年，農復會（後改為農發會，即目前農委會前身）美籍顧問前美國科羅拉多州農工大學獸醫學院院長暨大學校長鈕森博士（Dr I.E. Newsom），建議農復會在臺大農學院設立家畜醫院。於1955年5月16日完成一期工程，啟用家畜醫院；1956年二期工程完工，為二層樓建築，特別為命名為鈕森館，以紀念鈕森博士對本系的貢獻。
1955年8月，畜牧獸醫系分為畜牧及獸醫兩組招生，獸醫組修業期間仍為四年，畢業時授予農學士學位，本系由此進入一個新局面。1957年，聘美國加州大學Davis獸醫學院副教授James R. Douglas，至本系擔任客座教授，講授病理學，並辦理全國獸醫人員家畜寄生蟲研討會。
1959年
1959年8月，畜牧獸醫學系獸醫組改制為獸醫學系，修業期限改為五年，畢業時授予獸醫學士學位，此為本系另一個重要的里程碑。
1960年代
此時本系在穩定中求進步，制度上少有改變，人事上有些許更迭，逐漸聘入本系系友從事教職工作。1968年8月增設研究所碩士班，修業年限為二至四年，畢業時授予獸醫學碩士學位，這是一個劃時代的開始。設立碩士班後，本所畢業生紛紛投入全國中、高等獸醫教育體系中，貢獻所長，本所的成立對於台灣獸醫教育體系的師資培育有其不可抹滅的重要性。
1971年
1971年農學院開辦在職進修制度，提供全國畜牧獸醫同業進修機會，對於產業界新技術的吸收及提昇有顯著貢獻。1972年12月9日，系上教授在沒有其他外援下，獨力創立國際人畜共同疾病研究所；1974年，國際人畜共同疾病研究所開始出版國際學術期刊。
1977年
1977年進一步設立博士班，修業年限為二至六年，畢業後授予獸醫學博士學位，完整的獸醫教育體系於焉成立。
同年，由農發會資助興建的大動物館完工。另因教研所需，向校方爭取興建實驗動物館，獲得同意並興建完工，該館坐落在大動物館旁，為兩層樓房建築。一樓為經濟動物實驗區，二樓為嚙齒動物及家禽實驗區，並設立數間研究室及實驗室供研究生使用。7月17日本系榮獲教育部「大學農學院評鑑」，有關教學、研究、圖書、設備、畢業生就業、教師研究成果等六項，評鑑結果均優，為當時全國農學院中首屈一指的系所。
1984年
1984年本系教師僅有12名， 而大學部學生約200人，研究生30人，師生比例為1：19，每位教師必須負責三至四門獸醫專業課程，在師資極度不足的情況下，教研品質皆無法提昇。有鑑於此，教育部於1987年8月以專案撥款委託本校農學院成立「獸醫教育改革計劃」專案研究小組，經多次研議，於1988年10月向教育部提出「獸醫教育改進計劃書」，1989年5月再由當時教育部長親自主持「研討獸醫教育計劃修正會議」，正式確定我國獸醫教育之改進方向。會中決議分段進行下列各項工作，包括：增班招生、增聘師資、先擴大學系後並設十門學科、後增為十五門學科、新建動物醫學教學醫院、加強臨床獸醫學之教學及研究、培訓動物種別的專業獸醫師、成立獸醫學院。本計劃自1987年推行以來，先後完成：（一）增班招生：於80學年度起增加招生一班，成為雙班招生。（二）增聘師資：由80學年度起，每年應可增聘四位師資，但校方規定每年扣留一位，因而僅增聘三位。（三）新建動物醫學教學醫院（於1995年5月完工）：提供本系及擬增設的臨床獸醫學研究所，作為主要的教學、實習及研究場所。本系從80學年度增班招生，師資人數也逐年補增，這使得本系的研究發展及教學，在各層面上均較先前有大幅度提昇。此外，更添購教學設備，長期發展的目標為成立獸醫學院。農委會有鑑於本系有成立獸醫學院之計劃，連續五年編列貴重儀器設備費以支持本計畫之推動，1994年9月21日本系穿透式及掃描式電子顯微鏡始得以安裝完成，並陸續添購多項先進的研究教學儀器。
1993年
由於獸醫公共衛生學的漸趨重要，1993年於獸醫學研究所增設獸醫公共衛生學組。1995年4月28日香港學術評審局來訪並針對本系進行認證。1998年1月20、21日，香港獸醫管理局委託香港學歷評審局組成7人評審委員會，蒞臨本系對學生之學歷進行評審，同年5月22日居住香港的系友轉告，香港學歷評審局向香港獸醫管理局提出的國際評鑑報告，認為本系的基礎課程、臨床訓練、學生、教師素質、設備等均已達國際水準，本系畢業生可無條件在香港逕行註冊為執業獸醫師。
2003年
2003年開始興建「動物疾病與畜產品衛生檢測技術開發中心」之動物實驗大樓（今獸醫二館）及行政與研究大樓（今獸醫三館）。至此，本系教研環境由獸醫一館、二館、三館所組成。為了促進對人畜共通傳染病的監測、診斷與預防的研究、推廣及教育訓練，2006年成立「人畜共通傳染病研究中心」。
2007年
2006年獸醫學系開始接受大學甄試（個人申請）入學方式，2007年接受大學入學推薦甄試（高中學校推薦）。「人畜共通傳染病實驗室」於此年11月16日正式揭牌啟用。有鑒於社會對於高素質臨床獸醫需求的增加以及培育未來臨床教學人才，2007年成立「臨床動物醫學研究所」並招生，分成大動物及野生動物組以及伴侶動物組，臨床動物醫學研究所並與動物醫院合作，也招收全職小動物內外科住院醫師，接受為期三年的專科住院訓練。
2008年
2008年8月1日獸醫專業學院正式成立，在亞洲及中國大陸等鄰近國家近年來均已紛紛改制成獸醫學院以因應時代需要的同時，我們亦奮起直追，並期許未來在國際獸醫科學社群中能貢獻一己之力。
2009年
2009年，本院成立「分子暨比較病理生物學研究所」，致力於提升獸醫病理領域之教學與專業素養，並結合分子生物專長的教師，提升研究量能。2010年，本院成立「動物癌症醫學研究中心」，整合癌症機制研究、相關檢測與治療技術，以及臨床試驗與研究，致力於推動動物癌症醫學的進一步發展。