獸醫學系系館係以一幢四樓的教學大樓（簡稱獸醫一館）為主體，輔以在農委會支持下興建地上五層地下一層之「動物疾病與畜產品衛生檢測技術開發中心」（簡稱獸醫三館）及在動物醫院頂樓增建七至九樓的「動物實驗大樓」（簡稱獸醫二館）等建築物所構成。五年級之臨床教育及實習則在地上六層地下一層之「教學動物醫院」進行，這些空間及所屬設備為培育優良獸醫師及相關生物科技人才之中心，計有下列學科領域設有研究室或實驗室，包括獸醫生理學、獸醫解剖學、獸醫病理學、獸醫藥理學、獸醫細菌學、獸醫病毒學、獸醫寄生蟲學、獸醫免疫學、獸醫公共衛生學、獸醫傳染病學、獸醫臨床病理學、獸醫麻醉學、豬病學、禽病學、魚病學、大動物疾病學、野生動物疾病學、小動物內科學、小動物外科學、小動物腫瘤學、小動物眼科學、神經病理學、內分泌學、小動物臨床神經學及電子顯微鏡學等學科。
設備方面，除各研究室具有個別完善的研究設備外，本系所之重要教學研究儀器設備尚有穿透式電子顯微鏡、掃描式電子顯微鏡、自動核酸序列分析儀、核酸合成儀、流式細胞計數儀、高效率液相層析儀、超高速離心機、冷凍切片機、螢光顯微鏡、內視鏡、液晶閃爍計數器、溫度循環控制儀、自動組織處理機、顯微外科手術用顯微鏡、多人用教學顯微鏡、血液學分析儀、血液氣體分析儀、人工心肺機、心電圖儀、超音波影像掃描儀、全自動生化分析儀、氣相層析質譜儀、毛細管電泳及定量聚合酶鏈鎖反應器等，協助分析臨床疾病相關檢測資料，辨識疾病指標因子，深入探索病因與致病機制，期以阻斷病程之發展。而本院卓越的臨床師資，結合臺大附設動物醫院的多種高階設備，如電腦斷層掃瞄儀 (computed tomography，CT)、磁造造影掃瞄儀 (magnetic resonance imaging，MRI)、高階麻醉機、呼吸器與生理監視儀等，打造了培育具專業知識與實務能力獸醫師的優質環境。